Restytucja żubra była jednym z pierwszych programów ratowania ginących gatunków zwierząt zakończonym sukcesem. Mimo iż liczba żubrów systematycznie wzrasta ryzyko wyginięcia gatunku jest nadal wysokie.
- rozproszenia, izolacja przestrzenna i niska liczebność populacji wolno-żyjących;
- niska zmienność genetyczna żubrów wynikająca z przejścia populacji przez tzw. „wąskie gardło” i niskiej liczby założycieli (linia nizinna - 7 osobników, linia białowiesko-kaukaska – 12 osobników) oraz nierówny udział założycieli w puli genetycznej populacji (ponad 80% genów pochodzi jedynie od jednej pary założycieli - samca M 45 PLEBEJER i samicy F 42 PLANTA);
- ograniczona liczba terenów dogodnych do introdukcji żubrów (ze względu na wymagania przestrzenne żubrów i na duże ryzyko konfliktu z człowiekiem, introdukcje mogą odbywać się na terenie dużych kompleksów leśnych oraz na obszarach o niskim zaludnieniu);
- ograniczone możliwości introdukcji z powodu niskiej akceptacji gatunku (strach ludzi przed dużym, dziko żyjącym roślinożercą);
- brak zasad zarządzania wolno-żyjącymi populacjami opartych o naukowe podstawy;
- niestabilna sytuacja polityczna w krajach posiadających warunki do tworzenia nowych wolnych populacji żubra (duże kłusownictwo w krajach dawnego Związku Radzieckiego);
- zagrożenie możliwością hybrydyzacji z bizonem (stada bizonów są tworzone i hodowane w Polsce i innych krajach europejskich dla celów gospodarskich).
Działania ochronne uwzględniające potrzeby poszczególnych populacji wolno-żyjących jak i całego gatunku powinny obejmować:
- zmniejszenie izolacji stad i umożliwienie swobodnej wymiany osobników między stadami (stworzenie zwartego zasięgu występowania gatunku);
- opracowanie systemów zarządzania populacjami żubrów (naturalizacja stad);
- polepszania warunków bytowania żubrów, a szczególnie bazy żerowej przez tworzenie nowych i rekultywowanie istniejących polan śródleśnych i łąk;
- modyfikacja zimowego dokarmiania, przez budowę nowych miejsc dokarmiania rozproszonych na terenie areału populacji;
- stworzenie prawnych podstaw finansowych gwarantujących wieloletnie finansowanie działań ochronnych na rzecz żubra, takich jak, koszenie traw i rekultywacja istniejących polan i łąk i pozyskiwanie z nich siana na potrzeby dokarmiania zimowego;
- odizolowanie żubrów od bizona amerykańskiego i jego mieszańców;
